commit 4bd6d861450a5abc41511691f489e3e986a423c6
Author: albertxin <albert_xin@qq.com>
Date:   Tue May 5 15:49:19 2026 +0800

    init

diff --git a/.gitignore b/.gitignore
new file mode 100644
index 0000000..2e667a7
--- /dev/null
+++ b/.gitignore
@@ -0,0 +1,12 @@
+.DS_Store
+Thumbs.db
+
+.vscode/
+.idea/
+
+*.swp
+*.swo
+*~
+
+__pycache__/
+*.py[cod]
diff --git a/2026/2026-03/Cell|叶史瓦大学|Robert D- Burk等团队对年轻女性CVM分析揭示CT感染规律.md b/2026/2026-03/Cell|叶史瓦大学|Robert D- Burk等团队对年轻女性CVM分析揭示CT感染规律.md
new file mode 100644
index 0000000..e4062cc
--- /dev/null
+++ b/2026/2026-03/Cell|叶史瓦大学|Robert D- Burk等团队对年轻女性CVM分析揭示CT感染规律.md	
@@ -0,0 +1,45 @@
+---
+title: Cell|叶史瓦大学|Robert D. Burk等团队对年轻女性CVM分析揭示CT感染规律
+date: 2026-03-10
+tags: [Cell, CVM]
+collections: [文献]
+---
+# Cell|叶史瓦大学|Robert D. Burk等团队对年轻女性CVM分析揭示CT感染规律
+## 一分钟快读
+本研究对560名性活跃的黑人及西班牙裔青少年和年轻成年女性进行调查，探究宫颈阴道微生物群（CVM）对沙眼衣原体（CT）感染的影响。将187例新发CT病例与373例对照进行匹配，并分析CT感染前、感染期间和感染后CVM的情况，结果发现特定的分子BV亚型（含CST-IV-A的mBV-A）是CT感染的重要风险因素，优势比为2.51（95%置信区间：1.40-4.49，p=0.002）。细菌多样性以及如阴道弯曲菌等特定分类群也与CT风险相关。治疗后，CVM恢复到与感染前相似的状态，但mBV-A与CT再感染有关（调整比率为3.58；95%置信区间：1.16-13.28，p=0.034）。此外，治疗后的CVM与盆腔炎和流产相关，凸显了CVM在CT感染自然史中的作用及其作为治疗靶点的潜力。
+## 文章信息
+题名：Cervicovaginal microbiome and natural history of Chlamydia trachomatis in adolescents and young women
+译名：青少年和年轻女性的宫颈阴道微生物组与沙眼衣原体自然史  
+期刊：Cell  
+5YIF：49.1  
+发表时间：2025-01-15  
+DOI：10.1016/j.cell.2024.12.011  
+
+## 图文摘要
+![](media/17370288704651/17370290034586.jpg)
+## 研究背景
+沙眼衣原体（CT）是全球最常见的细菌性性传播感染疾病，2019年病例超1.3亿且发病率持续40年上升，约20%感染女性会出现盆腔炎等后遗症，超半数新发性传播感染发生于青少年和年轻成人，其中黑人和西班牙裔感染率比非西班牙裔白人高5倍，存在社会经济和种族差异。目前已知的CT感染风险因素包括多性伴、既往性传播感染史等，而细菌性阴道病（BV）虽被认为与CT感染有关，但二者受性行为影响且常无症状，难以确定关联。人体阴道包含多种微生物构成CVM，其中乳杆菌有抗CT作用，但BV与CT感染风险因素的重叠使情况复杂，在此背景下开展了本次研究以探究CVM与CT感染的关系。
+## 研究思路
+本研究选取了纽约市性活跃的黑人和西班牙裔青少年及年轻成年女性作为研究对象，采用嵌套病例对照设计，将187例新发CT感染女性与373例对照按年龄、入组时间和既往CT感染史进行匹配。收集参与者感染前约6个月、感染时及治疗后约8个月的宫颈阴道拭子样本，运用16SrRNA和ITS1扩增子测序分别评估细菌和真菌/真核生物，同时结合分子BV（molBV）算法和社区状态类型（CST）聚类分析宫颈阴道微生物组（CVM），并利用微生物风险评分（MRS）探究与CT感染风险相关的细菌属网络，通过多变量建模等方法确定CT感染的前瞻性风险、感染与CVM的关联以及治疗后CT感染对CVM的残留影响，从而全面分析CVM在CT感染自然史中的作用。
+## 主要研究结果
+- CVM特定亚型与CT感染风险紧密相连
+
+![](media/17370288704651/17370294032062.jpg)
+图2 CT感染前、感染时和感染后访视的molBV评分分布  
+研究发现，通过对宫颈阴道微生物组（CVM）的分析，特定亚型如含有CST-IV-A的分子细菌性阴道病（mBV-A）与沙眼衣原体（CT）感染风险密切相关。在感染前，相较于对照组，病例组的mBV评分更高，其中mBV阳性（molBV评分7-10）尤其是mBV-A亚型与CT感染显著相关，mBV-A亚型参与者患CT感染的风险比mBV阴性者高2.38倍（OR=2.38，95%CI:1.21-4.69，p=0.012），且与CST-IV-A相关的CVM特征在感染前后均有明显变化（图2、图S2、图S3）。
+- 细菌属网络影响CT感染及再感染可能
+
+![](media/17370288704651/17370294341309.jpg)
+图3 CT感染前瞻性细菌危险因素的交叉验证和细菌群落建模  
+研究表明存在一个由10个细菌属组成的网络对CT感染及再感染有影响。通过ANCOM分析和10倍交叉验证，确定了如Candidatus Lachnocurva vaginae、Prevotella、Megasphaera等细菌属与CT感染密切相关，它们的相关性系数pairwise correlations>0.6，p<0.001。基于这些细菌属构建的微生物风险评分（MRS）显示，MRS每增加一个单位，CT感染的优势比为2.50（95% CI:1.35-5.60，p=0.0037）。在CT再感染方面，mBV-A和mBV-intermediate状态的参与者再感染率增加，分别为调整率比aRR=3.58（95%CI:1.16-13.28，p=0.034）和aRR=3.17（95%CI:1.18-11.1，p=0.038），（图3、图S4）。
+- CT感染改变CVM，治疗后有恢复趋势
+
+![](media/17370288704651/17370294605183.jpg)
+图4 CT感染与宫颈阴道微生物组的关联  
+CT感染对宫颈阴道微生物组（CVM）产生了显著影响，在感染发生时（t_0访视），CT病例的CVM细菌多样性相较于对照组明显升高，如Chao1指数（p=0.046）和Shannon指数（p=2.50×10^-7）所示，且有37种细菌物种在病例和对照组间存在持续差异。然而在抗生素治疗后（t_+1访视），CT病例的CVM在细菌和真菌的α及β多样性分析上与对照组无明显差异，尽管多变量建模显示mBV-intermediate组在病例中仍高于对照组（OR=1.83，95% CI:1.09-3.08，p=0.02），但整体上CVM组成恢复到接近感染前的状态（图4、图S5、S6）。
+- mBV状态与CT再感染及后遗症相关联
+
+研究显示mBV状态在CT感染的后续进程中起到关键作用。在CT再感染方面，mBV-A和mBV-intermediate状态的参与者再感染率显著增加，其中mBV-A参与者的调整率比达到3.58（95% CI:1.16-13.28，p=0.034）。对于后遗症，虽然在盆腔炎和流产方面没有达到显著的关联，但mBV阳性的CVM在治疗后（t_+1访视）的参与者更有可能出现这些情况，如出现盆腔炎的优势比为2.93（95% CI:0.88-11.17，p=0.087），流产的优势比为4.43（95% CI:1.03-30.63，p=0.070）。
+## 小结
+本研究通过对大量黑人和西班牙裔青少年及年轻成年女性的宫颈阴道微生物组（CVM）进行分析，发现CVM中与细菌性阴道病（BV）相关的多种特征，如特定的mBV状态、社区状态类型（CSTs）及特定细菌属等，对沙眼衣原体（CT）感染及再感染具有重要的预测作用。其中mBV-A亚型与CT感染及再感染风险紧密相连，且CT感染会改变CVM组成，治疗后虽整体有恢复趋势但某些状态仍有异常，这些发现为基于CVM特征制定预防和治疗CT感染的新公共卫生措施提供了依据，不过研究也存在如采样间隔、抗生素影响难以区分及部分分析样本量有限等局限性。
+###### 本文原创为原创编译，不主张原文版权，侵删。本文个人闲暇时间收集，个人水平有限，若有纰漏，麻烦留言指出，我尽快修改！
\ No newline at end of file
diff --git a/2026/2026-03/antibogy/install RFantibody.md b/2026/2026-03/antibogy/install RFantibody.md
new file mode 100644
index 0000000..8122147
--- /dev/null
+++ b/2026/2026-03/antibogy/install RFantibody.md	
@@ -0,0 +1,85 @@
+---
+title: install RFantibody
+date: 2026-03-12
+tags: [antibody, soft insatll]
+collections: [antibody, install]
+---
+# install RFantibody
+```shell
+# dir: /share/nas3/zhushixin/soft/unzip/RFantibody
+git clone ssh://git@39.104.92.69:8512/pub_soft/RFantibody.git
+
+# download weight
+bash include/download_weights.sh
+
+mamba create -n rfanibody
+mamba activate  rfanibody
+mamba install python=3.10
+
+pip install --pre torch torchvision torchaudio --index-url https://download.pytorch.org/whl/nightly/cu128
+pip install --pre dgl --no-deps -f https://data.dgl.ai/wheels-test/torch-2.4/cu124/repo.html
+
+
+# 安装依赖
+pip install .
+pip install omegaconf
+# pip install hydra-core==1.3.2
+pip install hydra
+pip install scipy
+
+# test
+python  /home/src/rfantibody/rfdiffusion/rfdiffusion_inference.py \
+    --config-name antibody \
+    antibody.target_pdb=/home/scripts/examples/example_inputs/rsv_site3.pdb \
+    antibody.framework_pdb=/home/scripts/examples/example_inputs/hu-4D5-8_Fv.pdb \
+    inference.ckpt_override_path=/home/weights/RFdiffusion_Ab.pt \
+    'ppi.hotspot_res=[T305,T456]' \
+    'antibody.design_loops=[L1:8-13,L2:7,L3:9-11,H1:7,H2:6,H3:5-13]' \
+    inference.num_designs=20 \
+    inference.output_prefix=/home/scripts/examples/example_outputs/ab_des
+#faild
+```
+
+# gpu0
+```shell
+# dir: /share/nas3/zhushixin/soft/gpu0_soft/RFantibody
+git clone ssh://git@39.104.92.69:8512/pub_soft/RFantibody.git
+
+# download weight
+bash include/download_weights.sh
+
+# test 
+docker run --gpus '"device=1"' -it --rm 36d3aa0632ed
+
+
+
+
+```
+
+# gpu0
+```shell
+# dir: /share/nas3/zhushixin/soft/gpu0_soft/RFantibody
+git clone ssh://git@39.104.92.69:8512/pub_soft/RFantibody.git
+
+# download weight
+bash include/download_weights.sh
+
+mamba activate uv
+uv sync
+```
+test
+```shell
+# test
+ bash scripts/examples/nanobody_full_pipeline.sh
+
+# 查看设计结果
+qvls scripts/examples/example_outputs/nb_ha_pipeline/2_proteinmpnn.qv
+mkdir check_install
+## split结果
+qvextract  scripts/examples/example_outputs/nb_ha_pipeline/3_rf2.qv -o check_install/
+## 提取分数文件
+qvscorefile scripts/examples/example_outputs/nb_ha_pipeline/3_rf2.qv
+cp scripts/examples/example_outputs/nb_ha_pipeline/3_rf2.sc check_install/3_rf2.tsv
+
+
+```
\ No newline at end of file
diff --git a/2026/2026-03/media/17370288704651/17370290034586.jpg b/2026/2026-03/media/17370288704651/17370290034586.jpg
new file mode 100644
index 0000000..12f7716
Binary files /dev/null and b/2026/2026-03/media/17370288704651/17370290034586.jpg differ
diff --git a/2026/2026-03/media/17370288704651/17370294032062.jpg b/2026/2026-03/media/17370288704651/17370294032062.jpg
new file mode 100644
index 0000000..997b21b
Binary files /dev/null and b/2026/2026-03/media/17370288704651/17370294032062.jpg differ
diff --git a/2026/2026-03/media/17370288704651/17370294341309.jpg b/2026/2026-03/media/17370288704651/17370294341309.jpg
new file mode 100644
index 0000000..327adf2
Binary files /dev/null and b/2026/2026-03/media/17370288704651/17370294341309.jpg differ
diff --git a/2026/2026-03/media/17370288704651/17370294605183.jpg b/2026/2026-03/media/17370288704651/17370294605183.jpg
new file mode 100644
index 0000000..75984e6
Binary files /dev/null and b/2026/2026-03/media/17370288704651/17370294605183.jpg differ
diff --git a/2026/2026-03/test.md b/2026/2026-03/test.md
new file mode 100644
index 0000000..e4c5c21
--- /dev/null
+++ b/2026/2026-03/test.md
@@ -0,0 +1,6 @@
+---
+title: 测试下这个博客网站
+date: 2026-03-10
+tags: [test, deploy]
+collections: [test]
+---
diff --git a/2026/a.md b/2026/a.md
new file mode 100644
index 0000000..c3bcb4a
--- /dev/null
+++ b/2026/a.md
@@ -0,0 +1,38 @@
+---
+title: Hello mdblog
+date: 2026-03-10
+tags: [intro, static]
+collections: [入门, 示例]
+summary: 这是 mdblog 的第一篇文章，展示基础 Markdown 能力。
+---
+
+# Hello mdblog
+
+欢迎使用 **mdblog**。
+
+## 功能预览
+
+- 支持递归扫描 Markdown
+- 支持代码高亮
+- 支持图片与相对链接
+
+> 这是一个静态博客生成器示例。
+
+### 代码块
+
+```ts
+export function greet(name: string): string {
+  return `hello, ${name}`;
+}
+```
+
+### 表格
+
+| 功能 | 状态 |
+| --- | --- |
+| RSS | 已启用 |
+| Sitemap | 已启用 |
+
+![示例图片](./python/img/a.png)
+
+[查看文档](./doc/a.md)
diff --git a/2026/doc/a.md b/2026/doc/a.md
new file mode 100644
index 0000000..a020e6a
--- /dev/null
+++ b/2026/doc/a.md
@@ -0,0 +1,14 @@
+---
+title: Deployment Doc
+date: 2026-03-08
+tags: [docs, deploy]
+collections: [docker compose, ]
+---
+
+# Deployment Doc
+
+部署时使用 Docker Compose：
+
+```bash
+docker compose up -d --build
+```
diff --git a/2026/python/c.md b/2026/python/c.md
new file mode 100644
index 0000000..dfba679
--- /dev/null
+++ b/2026/python/c.md
@@ -0,0 +1,17 @@
+---
+title: Python Notes
+date: 2026-03-09
+tags: [python, notes]
+---
+
+# Python Notes
+
+![Python 示例图](./img/a.png)
+
+## 列表
+
+1. 安装依赖
+2. 编写脚本
+3. 运行测试
+
+更多内容稍后补充。
diff --git a/2026/python/img/a.png b/2026/python/img/a.png
new file mode 100644
index 0000000..31b9abe
--- /dev/null
+++ b/2026/python/img/a.png
@@ -0,0 +1 @@
+fakepng
\ No newline at end of file
diff --git a/2026/soft_install/CREST_install.md b/2026/soft_install/CREST_install.md
new file mode 100644
index 0000000..ca9b8fa
--- /dev/null
+++ b/2026/soft_install/CREST_install.md
@@ -0,0 +1,26 @@
+---
+title: 在macOS上安装CREST（m1 Pro）
+date: 2026-05-02
+tags: [CREST, install]
+collections: [软件安装，模拟]
+summary: 安装CREST
+---
+
+# 介绍：CREST
+CREST 是一个开源的小分子构象与势能面自动探索工具，基于 xTB 作为能量评估引擎，利用 metadynamics 等采样方法自动搜索分子的低能构象空间，生成按能量排序的构象集合及其 Boltzmann 分布，从而无需人为指定扫描坐标即可系统性地覆盖分子的柔性构象与局部势能面，广泛用于药物分子构象生成、虚拟筛选预处理以及后续高精度量化计算的初始结构准备。
+
+# 安装，使用mamba
+```shell
+mamba create -n crest
+mamba activate crest
+mamba install  crest -y
+
+
+# 其他辅助包 openbabel 不能高于3.12 2026-05-02
+mamba install rdkit openbabel python=3.12 -y
+
+
+```
+
+# 使用crest进行势能面搜索
+先用rdkit生成构象。
\ No newline at end of file
diff --git a/2026/soft_install/cp2k.md b/2026/soft_install/cp2k.md
new file mode 100644
index 0000000..2af8627
--- /dev/null
+++ b/2026/soft_install/cp2k.md
@@ -0,0 +1,9 @@
+---
+title: 在macOS上安装cp2k（m1 Pro）
+date: 2026-03-10
+tags: [cp2k, install]
+collections: [软件安装，模拟]
+summary: 安装cp2k
+---
+# 软件下载
+